学校現場を離れて久しいので、予測の域を出ませんが…
ご質問にお答えてしてみたいと思います。

　牛肉使用禁止の経過は、ご指摘のどおり　牛肉のBSE、口蹄疫問題への安全対策として　「疑わしき者は　罰せず」ではなく
「君子危うきに近寄らず」？ということになったのです。
行政指導は、牛肉使用を自粛するとしていたところが多かったようです。
そのころは、牛コツが原料と言われた「ゼラチン」や牛糞が肥料だといわれた「いちご」までもが、使用禁止となりました。（自粛でしたが）10年以上も前のことです。

　私は、ほとぼりがさめたころから、牛肉を使用していました。
輸入牛肉だけでなく国産牛肉にも検査が実施されていたので、給食に使用する場合、検査済みの証票が付いたもののみでした。

　家庭科の調理実習や生活科等の収穫物調理は、O157事件以降しばらくの間、調理実習そのものが禁止となっていました。
牛肉については、4年前には聞いていませんでした・・・。
小学校では、ハンバーグの実習がなかったからかも知れません。

牛肉の件に答えたいと思います。
４年前Ｍ区の小学校に勤務していたときは、「給食の食材は国産の物を使用する」と区教育委員会（栄養士会で話合う）で決められていたように思います。もちろん牛肉も国産ですがＢＳＥや口蹄疫等問題があった頃から給食では使用禁止になったようです。その後、検査済の商標が分かるものはＯＫとなったように記憶しています。しかし、国産の牛肉は高く、保護者の理解が得られない場合は問い合わせ等があるので私は使用しませんでした。実際、検査済の国産牛肉を使用して、保護者等の対応に苦慮していた栄養士さんの話を聞いたことがありました。

家庭科の調理実習ですが食物アレルギーの関係もあるので、実習する場合は、家庭科専科（担任）から、日程、時程、献立名、食材名、作り方などのプリントが栄養士や管理職に回覧されるシステムになっていました。アレルギーの確認や給食で使用禁止の食材が家庭科で使用されるのは学校として統一性がないので保護者の理解を得るためにも校内で話し合って行っていました。